З тексту Вашого запитання не зовсім зрозуміло, чи мається один і той ОМС, чи один і той самий відділ…

Можна застосувати процедуру стажування заступника начальника відділу на посаді начальника відділу (якщо у відповідному ОМС є Положення про стажування) або кадровий резерв (якщо дана особа, яка працює на посаді заступника начальника відділу, перебуває у кадровому резерві на посаду начальника цього відділу). 

Якщо цього немає – тільки через конкурсну процедуру.